Liên đội trường TH -THCS Ngô Thời Nhiệm được hình thành, tổ chức đi vào hoạt động từ ngày 25 tháng 12 năm 1997. Liên đội tham gia sinh hoạt dưới sự chỉ đạo của hội đồng đội quận 3; được đánh giá là Liên đội mạnh của quận. Tháng 9 năm 2008, khi trường TiH quy tụ về quận 9 nay là Thành phố Thủ Đức nên Liên đội chuyền về sinh hoạt theo sự chỉ đạo Hội đồng đội quận 9. Từ đổ đến nay Liên đội liên tục được công nhận là liên đội xuất sắc cấp quận.